瑯玡王司馬睿(即晉元帝)與王導(dǎo)素來(lái)友善。王導(dǎo)知道天下已經(jīng)開(kāi)始動(dòng)亂,于是全心全意輔佐司馬睿,暗中立下了興復(fù)朝綱的意愿。司馬睿也非常信任器重他,兩人情同摯友。司馬睿還在洛陽(yáng)時(shí),王導(dǎo)總是勸說(shuō)他要盡快回到藩國(guó)。
永興二年(305年),司馬睿出鎮(zhèn)下邳,不久遷安東將軍,請(qǐng)王導(dǎo)擔(dān)任安東將軍司馬,軍事謀劃,都聽(tīng)從其安排。
永嘉元年(307年),司馬睿聽(tīng)從王導(dǎo)的建議,出鎮(zhèn)建業(yè)(后改建康,今江蘇南京)。王導(dǎo)相隨南渡。西晉滅吳以后,南方士族被排斥,仕進(jìn)很困難,當(dāng)然不滿意。王導(dǎo)想要在原孫吳境內(nèi)建立以北方士族為骨干的東晉,聯(lián)絡(luò)南方士族便成為極其重要的事務(wù)。王導(dǎo)就勸說(shuō)司馬睿道:“顧榮、賀循,都是此地最具名望的人,應(yīng)當(dāng)結(jié)交他們來(lái)收服人心,他們兩人來(lái)了,就沒(méi)有不來(lái)的人。”司馬睿就派王導(dǎo)親自去造訪賀循、顧榮,二人都應(yīng)召而至。由此吳地之人望風(fēng)順附,百姓歸心。從此之后,他們相互依靠,君臣的名分就確立了下來(lái)。(相傳司馬睿初到建業(yè)時(shí),吳地之人不愿歸附,到建康已一個(gè)多月了,士族百姓還沒(méi)有人來(lái)登門拜謁,王導(dǎo)為此事很焦急。正趕上司馬睿出去觀看禊祭,王導(dǎo)讓司馬睿乘輿,安排了威嚴(yán)的儀仗。王導(dǎo)和王敦等名士們都騎馬侍從,紀(jì)瞻、顧榮等人見(jiàn)了后感到驚異,一個(gè)跟著一個(gè)地在道路左邊行拜禮。此事載入《晉書·王導(dǎo)傳》,但司馬光在《資治通鑒考異》中已有懷疑;今人田余慶在《東晉門閥政治》中則已通過(guò)詳細(xì)考訂,認(rèn)為并非史實(shí))。
永嘉五年(311年),漢國(guó)大將劉曜、王彌攻破洛陽(yáng),俘晉懷帝,殺王公以下士民三萬(wàn)余人,北方陷入空前的戰(zhàn)亂中。中原人士到江南避難的有十分之六、七,王導(dǎo)勸司馬睿乘機(jī)收攬賢人君子,擴(kuò)大力量以圖大事。
當(dāng)時(shí)荊、揚(yáng)二州比較安定,人口眾多,物產(chǎn)豐饒,王導(dǎo)的治理方針講求清靜,常勸司馬睿克己垂范勵(lì)精圖治,輔佐君主安寧邦國(guó)。于是越發(fā)受司馬睿的器重,兩人之間的感情日益深厚,朝野之中都為之傾心,稱王導(dǎo)為“仲父”。司馬睿曾對(duì)王導(dǎo)說(shuō):“你就是我的蕭何呀!”王導(dǎo)回答說(shuō):“過(guò)去秦朝無(wú)道,天下百姓厭棄亂世,而極為狡黠的人又欺凌踐踏人民,人們感懷漢王劉邦的恩德,群起響應(yīng)反秦,所以大功容易告成。自從曹魏立朝以來(lái),直到晉太康時(shí)期,公卿士大夫及門閥世族,奢侈揮霍相互攀比,先賢政教逐步衰退,先朝治世法度,無(wú)人遵循,大小官吏,沉溺于享樂(lè)之中,才使得奸佞之人有機(jī)可乘,導(dǎo)致朝政大道虧傷。然而混亂后將會(huì)出現(xiàn)安定,這是天地間的規(guī)律。大王將要建立蓋世之功勛,重新一統(tǒng)山河,管仲、樂(lè)毅這樣的人才,這時(shí)就會(huì)出現(xiàn),不是我們這樣普普通通的臣子所能比擬的。希望大王能深謀遠(yuǎn)慮,廣擇賢能。顧榮、賀循、紀(jì)瞻、周玘,都是南方的名士,希望大王能對(duì)他們禮敬優(yōu)待,則天下可安。”司馬睿采納了王導(dǎo)的建議,從而逐漸贏得了南北士族的共同擁戴。南渡士人桓彝在初到江東時(shí),看到司馬睿勢(shì)力單薄,很為擔(dān)心,對(duì)名士周顗說(shuō):“我因?yàn)橹性喙?,想到江南尋個(gè)安身立命之地,不料朝廷如此微弱,怎么辦才好呢?”當(dāng)王導(dǎo)和他縱談形勢(shì)以后,他的態(tài)度有了變化:“我見(jiàn)到了江左‘管仲’,不再憂慮了。”
永嘉(307年—313年)末年,王導(dǎo)遷任丹陽(yáng)太守,加輔國(guó)將軍。王導(dǎo)上奏勸諫司馬睿不要輕易賜予臣下鼓蓋等禮崇之物,讓尊卑雅俗有所區(qū)別。司馬睿下令嘉獎(jiǎng)王導(dǎo),拜他為寧遠(yuǎn)將軍,不久又加振威將軍。
建興元年(313年),晉愍帝司馬鄴即位,征王導(dǎo)為吏部郎,但他沒(méi)有入朝就職。
建武元年(317年),司馬睿即晉王位后,任命王導(dǎo)為丞相軍諮祭酒。不久拜右將軍、揚(yáng)州刺史、監(jiān)管江南諸軍事,又遷驃騎將軍,加散騎常侍、都督中外諸軍、領(lǐng)中書監(jiān)、錄尚書事,假節(jié)、刺史如故。王導(dǎo)因?yàn)榭吹酵醵亟y(tǒng)率六州,堅(jiān)決辭掉都督中外諸軍的職務(wù)。后又因他事?tīng)窟B,被除去符節(jié)。
司馬睿喜愛(ài)瑯玡王司馬裒,有以他取代長(zhǎng)子司馬紹的想法,去征求王導(dǎo)的意見(jiàn)。王導(dǎo)說(shuō):“立太子都是立長(zhǎng)子,而且司馬紹也很賢明,不應(yīng)當(dāng)隨意改變。”司馬睿還是猶豫不決。王導(dǎo)常常勸諫,司馬紹的名分才得以確立。